Ważnym momentem w historii miasta, decydującym o jego roli i znaczeniu w regionie było sprowadzenie około 1140r, Cystersów. Klasztor ufundowali biskup wrocławski Janik i jego brat Klemens. Konwent cysterski przybył do Brzeźnicy z Burgundii, z opactwa Morimond. Nazwano więc klasztor Morimondus Minor (Morimond Mniejszy).

   Klasztor Jędrzejowski znany jest powszechnie jako miejsce wiecznego spoczynku i kultu błogosłowianego Wincentego Kadłubka, który spędził tutaj ostatnie pięć lat życia (1218 - 1223).
Przypuszcza się, że w Jędrzejowie powstała czwarta księga jego dzieła "Kronika Polaków" (Chronika Polonurum), cennego źródła do historii państwa polskiego. Do dzisiał zachowały się jedynie fragmenty późnoromańskiej bazyliki, będącej dziełem warsztatu cysterskiego z XII w. Zasadnicza bryła kościoła klasztornego powstała w epoce baroku. Wnętrze kościoła, pełne surowej powagi, oraz przyległy doń północny krużganek klasztorny zdobią barokowe polichromie przedstawiające sceny z życia Wincentego Kadłubka - dzieło Andrzeja Radwańskiego z lat 1735 - 1739.

Przy wejściu do zakrystii w dawnej kaplicy znajduje się wczesnogotycki (najstarszy zachowany w Polsce) figularny nagrobek rycerski z 1319 r. Nagrobek upamiętnia kasztelana krakowskiego Pakosława z Mstyczkowa, który choć był osobą świecką, jako dobrodziej opactwa został pochowany w kościele. W owym czasie zdarzało się to niezwykle rzadko.

   Jędrzejowskie opactwo słynie ze wspaniałych organów o niepowtarzalnym brzmieniu.
Pierwotnie powstały one w roku 1633 i wykonane były w warsztacie zakonnym. Instrument, który znajduje się w kościele klasztornym, pochodzi z lat 1745 - 1760. Zbudowany został przez organmistrza Józefa Sitarskiego we współpracy z Ignacym Foglerem z Warszawy.

   Bogatą dekorację snycerską wykonał warsztat braci Korneckich z Krakowa, a rzeźby organowe prawdopodobnie Jakub Kornecki. Stolarska obudowa jest dziełem warsztatu cysterskiego. Organy zachowały się prawie całkowicie w swej dawnej postac, posiadają unikatowe rozwiązania techniczne - mają 42 głosy, 4 manuały oraz pedał.

Każdego roku w lipcu i sierpniu odbywa się Międzynarodowy Festiwal Muzyki Organowej z udziałem wybitnych artystów polskich i zagranicznych.