Przy wejściu do zakrystii w dawnej kaplicy znajduje się wczesnogotycki (najstarszy zachowany w Polsce) figularny nagrobek rycerski z 1319 r. Nagrobek upamiętnia kasztelana krakowskiego Pakosława z Mstyczkowa, który choć był osobą świecką, jako dobrodziej opactwa został pochowany w kościele. W owym czasie zdarzało się to niezwykle rzadko.

   Jędrzejowskie opactwo słynie ze wspaniałych organów o niepowtarzalnym brzmieniu.
Pierwotnie powstały one w roku 1633 i wykonane były w warsztacie zakonnym. Instrument, który znajduje się w kościele klasztornym, pochodzi z lat 1745 - 1760. Zbudowany został przez organmistrza Józefa Sitarskiego we współpracy z Ignacym Foglerem z Warszawy.

    Bogatą dekorację snycerską wykonał warsztat braci Korneckich z Krakowa, a rzeźby organowe prawdopodobnie Jakub Kornecki. Stolarska obudowa jest dziełem warsztatu cysterskiego. Organy zachowały się prawie całkowicie w swej dawnej postac, posiadają unikatowe rozwiązania techniczne - mają 42 głosy, 4 manuały oraz pedał.

Każdego roku w lipcu i sierpniu odbywa się Międzynarodowy Festiwal Muzyki Organowej z udziałem wybitnych artystów polskich i zagranicznych.